≡ Menü,,en,Klicken Sie, um nach Hause zurückzukehren,,en,Email,,en,Kommentar,,en,Fataler Fehler,,en,Aufruf zu undefinierter Funktion vertical_menu,,en,home / content / 56/7806356 / html / wp-inhalt / plugins / exec-php / includes / runtime.php,,en,Eval,,en,Code,,en,online,,en

New Lyme Kultur Test fehlgeschlagen CDC Analyse

lyme disease test revealed as contaminated using DNA analysis of borrelia

Bakterielle DNA Analyse zeigt wahrscheinlich Verunreinigungen in neuen Borreliose Testergebnisse.

Laboratory Kontamination als die wahrscheinlichste Erklärung für die hohe Inzidenz von positiven Ergebnissen für hervorgehoben Lyme-Borreliose gefunden von Forschern die Entwicklung einer neuen Art von Test für Lyme-Borreliose. Forscher an der US Centers for Disease Control festgestellt, dass fast alle der Patienten Proben als Beweis für den Erfolg einer neuen Kultur Borreliose-Test enthaltenen genetisch ähnliche Stämme von Bakterien, wie sie in der Entwicklung dieses Tests verwendet, das wäre sehr unwahrscheinlich, dass natürlich vorkommende.

Eine Lyme-Krankheit-Test mit Ergebnissen Too good to be true?

Die Lyme-Borreliose Kultur-Test wurde von entwickelt Dr.. Eva Sapi und Kollegen in Connecticut, , die ein Papier veröffentlicht, in diesem Jahr umreißt ihren Erfolg. Das Verfahren involviert Entnahme von Serum aus Patienten, die eine für Lyme-Borreliose Bakterien mit positiver und Kultivierung dieser Proben dann auf die Anwesenheit von Borrelia testen. Positive Kulturen wurden gefunden 47% der Fälle innerhalb von sechs Tagen der Probenahme, und in 94% der Fälle innerhalb 16 Woche. Eine Kontrollgruppe von 48 Menschen ohne Lyme Krankheit wurde in der Studie verwendet, Vergleich dieser zu einer ersten Gruppe von 50 Borreliose-Patienten und eine zweite Gruppe von 72 bestätigte Fälle. Die Bakterien wurden unter Verwendung Immunfärbung, Polymerasekettenreaktion (PCR), und direkte DNA-Sequenzierung.

Vorsicht Über solche positiven Ergebnisse

Die hohe Erfolgsrate dieser neuartigen Test wurde mit Begeisterung von vielen Borreliose Patientenvertreter erhielt aber Wissenschaftler, die im Bereich von Infektionskrankheiten zur Vorsicht rieten die Methode war neu und unbestätigt. Solche Vorsicht erscheint im Nachhinein klug wie die jüngste Einschätzung des Verfahrens darauf hin, dass die hohe Rate der Seropositivität gefunden wurde möglicherweise durch Laborkontamination haben.

DNA Matching der Lyme-Borreliose Bakterien

Bei der Prüfung auf Lyme-Krankheit unter Verwendung von DNA-Sequenzierung ist es üblich, eine Vielzahl von genetischen Signaturen zu sehen, wie Borrelia vermehren und mutieren ziemlich rasch. Homogenität unter den Ergebnissen dieser Prüfungen ist unwahrscheinlich, es sei denn, die Testfälle absichtlich in einer kontrollierten Umgebung mit einer einzigen Quelle von Bakterien infiziert. Was sind die CDC-Forscher in der Analyse dieser Ergebnisse von Sapi Studie fand, war, dass rund 80% der Patienten Probe Sequenzen waren nicht von denen in der Entwicklung des Tests verwendet. Nur 10 der 51 pyrG Sequenzen identifiziert wurden, waren anders als der Ermittler Bakterienstämme und die CDC Wissenschaftler merken an, dass sie zwar Zweifel an der Relevanz dieser Stämme sind, Validierung eines neuen Testverfahrens ist wichtig, um unnötige Antibiotika-Behandlung nach einem Fehlalarm für die Lyme-Krankheit zu verhindern.

Neuer Test findet Lyme Disease Bakterienstämme nicht in US-

Barbara J.B. Johnson, PhD, von der Abteilung für Vector-Borne Disease in Fort Collins, Colorado, und Kollegen an der CDC wurden vor allem in der Arbeit heraus, warum die DNA-Sequenzierung in dieser Studie verwendeten erschien, um zu zeigen, dass die meisten Patienten mit Stämmen der Lyme-Borreliose Bakterien, die zuvor nicht in US-oder kanadischen Patienten festgestellt worden seien infiziert waren interessiert. Diese Stämme, Borrelia afzelii und Borrelia garinii, sind häufiger in Europa und Asien gefunden, sind aber nicht bekannt, dass in Nordamerika vorhanden.


Wie der Test wurde entwickelt,

Die Forscher entwickeln den Test verwendet zwei Borreliose Bakterienstämme häufigsten in Labortests für die Krankheit beschäftigt in den USA, B31 und 297, neben den beiden eurasischen Stämme. Diese Stämme, wenn in US-Patienten gefunden, Es wird angenommen, das Ergebnis der Exposition gegenüber Zecken werden bei Reisen außerhalb der USA, ohne bestätigte Nachweis dieser Bakterien in Zecken auf US-amerikanischem Boden getestet.

Bakterielle Kontamination und False Positives

Als solche, die CDC Wissenschaftler begannen sich zu fragen, ob der hohe Grad an Homogenität zwischen Proben und das Vorhandensein von unwahrscheinlich Bakterienstämme war nicht ein Ergebnis der Exposition und Infektion, sondern einer unbeabsichtigten Kontamination im Labor aus dem Testprotokoll selbst. Auch die unterschiedlichen Stämme dieser Bakterien würde, Wenn eine Infektion hatte natürlich entstanden, Ergebnis in verschiedenen DNA-Sequenzen zwischen den Patientenproben und so die Wissenschaftler verglichen die Sequenzen für pyrG 51 Patientenisolaten Verwendung der gleichen Primer wie sie von SAPI verwendet, et al,.

Fast Genaue Termine zu den Referenzen Stämme

Was sie fanden, war das mehr als die Hälfte (53%) der Patienten wurden mit B infiziert. garinii, mit 20 von denen 27 gefunden identische Klone der Dehnung als Referenz im Test Entwicklung. Unterschiede in den anderen Proben wurden an nur einem einzigen mutierten Nukleotid in fünf Fällen beschränkt, zwei Unterschiede in einem Fall, und drei Unterschiede in den verbleibenden Fall. Diese Arten von Ähnlichkeiten sind stark auf etwas anderes als natürlich vorkommende Infektion.

Less Than 10% der Proben nicht höchst verdächtig

Außerdem, 41% der 51 Patienten hatten B. burgdorferi-verwandten Sequenzen und alle, aber einer von ihnen hatte genaue Übereinstimmungen mit dem Referenz-Stamm. Zwei Patienten enthielten Stämme B. afzelii eng mit der Referenzprobe bezogen, was bedeutet, dass 80% (41/51) der Patienten Proben waren identisch mit den Teststämme, mit einem anderen 12% die sich durch ein einziges Nukleotid. Das lässt nur 4 Patienten, deren Tests waren nicht eine genaue Übereinstimmung oder eine fast identische Übereinstimmung der Bakterienstämme in diesem Roman verwendet, und scheinbar sehr erfolgreichen Test.

Weitere Validation Needed

Vielmehr wohltätig, die CDC-Forscher fest, dass "eine weitere Validierung der vorgeschlagenen neuen Kultur-Methode erforderlich ist,,” trotz allem, was scheint, ein ziemlich klares Indiz für etwas unter gegangen mit dem Testprotokoll was zu Kontamination mit den Referenz-Stämme falsch sein. Der mutmaßliche Kontamination könnte durch die Verwendung von PCR-Verfahren, die trotz geringem Nutzen, wenn die Kultur enthält genügend Bakterien unter dem Mikroskop betrachtet werden eingesetzt wurden. Da die Kontrollproben nicht getestet wurden mittels PCR kann es sein, dass diese die Kontamination vermieden, wodurch sich Seronegativität. Hätten sie alle durch PCR getestet es kann sein, dass Sapi, et al,, würde gefunden erstaunlich hohe Rate von Positivität für Lyme-Borreliose unter diejenigen, die keine anderen Anzeichen der Krankheit haben. Dies, selbst, müssten (hoffentlich) klang die Warnung über die Testprotokolle.

Fitnesstraining Vorsichtiger Optimismus über New Lyme Disease Testing Protokolle

Ohne die Durchführung der Studie wieder, wodurch die PCR Testschritt, es ist unmöglich zu sagen, ob es das war und dazu führte, dass die vermuteten Kontamination, in der Tat, ob der neue Test könnte hilfreich sein, in Erfassen Lyme-Borreliose. Was die Erfahrung hat uns zu sagen, ist, dass eine einzige Studie präsentiert Ergebnisse, die zu gut um wahr zu sein aussehen sollte, um vorsichtigen Optimismus und gesunde Skepsis führen, anstatt die Erhöhung hofft bereit, enttäuscht werden.

Referenzen

Barbara J.B. Johnson #, Mark A. Pilgard und Theresa M. Russell, Beurteilung der New Culture Methode zur DetectBorrelia Spezies in Serum von Borreliose-Patienten, J Clin Microbiol. Online veröffentlicht August 14, 2013.

Sapi E, Pabbati N, Datar A, Davies EM, A Rattelle, Kuo BA. Verbesserte Kultur Bedingungen für das Wachstum und Nachweis von Borrelien aus humanem Serum. Int J Med Sci 2013; 10(4):362-376. Verfügbar ab http://www.medsci.org/v10p0362.htm


{ 2 Kommentare… fügen Sie ein }
  • Tom August 29, 2013, 1:00 am

    Die CDC hat ihre pyrG Sequenzen in der NCBI Genbank eingetragen

    Borrelia burgdorferi 297 CTP-Synthase (pyrG) Gen, teilweise cds, GenBank: KF170281.1, 707 bp
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KF170281.1

    Borrelia garinii Stamm P1 Fuji CTP-Synthase (pyrG) Gen, teilweise cds, GenBank: KF170282.1, 645 bp
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KF170282.1

    Borrelia afzelii Stamm BO23 CTP-Synthase (pyrG) Gen, teilweise cds, GenBank: KF170280.1, 687 bp
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KF170280.1

    Ich benutzte die Virginia.edu DNA-Sequenz-Vergleichs-Tool, um eine do 1:1 Vergleichen jedes der CDC-Sequenzen gegen jeden der ALS-Sequenzen wie in der CDC Papiertisch:

    “Tisch: Vergleich der Patienten-assoziierte pyrG Gensequenzen mit denen Labortierstämme B. burgdorferi sensu lato.”

    Virginia.edu Werkzeug -> http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_w … rm = vergleichen

    Die Virginia.edu Sequenzvergleich Werkzeug erlaubt es, Sequenzen mit Zugangsnummern aus der NCBI Datenbank eingeben. Es gibt einen Prozentsatz Spiel ausgerichteten Sequenzen und zeigt Unterschiede,

    Die CDC Papier Tisch Prozentsätze korrekt sind und für die garinii azfeli Sequenzen.

    Die CDC Papier Tisch Prozentsätze sind in Fehler um ein Zeichen für die burgdorferi Sequenzen, weil es einen Fehler in der CDC-Sequenz für KF170281.1 an seinem Charakter Position 618 = “y”. “Y” ist keine gültige Basis. Dies ist die Position 546 in der 603 Buchstabenfolge für ALS Bb JX867374.1 wo es ein “C”.

    Abgesehen von der CDC Fehler in der Reihenfolge, ihre Prozentsätze richtig sind, wenn man diesen Brief Position ignoriert. Die CDC Papier sollte korrigiert werden. Sie sind 100% entsprechen bei 602/602, nicht 603/603. Dies zeigt Schlamperei von der CDC ist aber nicht sonderlich relevant.

    Ich überprüfte die garinii isoliert zu sehen, ob der Fehler, der in der Tabelle CDC wurden in der gleichen Position. Jeder Fehler in der garinii Isolate erschien zufällig. Sie alle erschienen in zufälligen Positionen und Briefe. Ich frage mich, ob sie oder Cluster waren zufällig. Zufall schlägt mögliche Sequenzierung Fehler während alle Cluster eine einzigartige Abfolge implizieren könnte, dass einfach durch einen Buchstaben verändert.

    So gibt es eine beunruhigende Spiel und in der Nähe von Übereinstimmungen zwischen den ALS-Isolate und der ATCC bereitgestellt B. burgdorferi sensu stricto Stamm 297 (ATCC 53899), B. afzelii Stamm BO23 (11) (ATCC76 51992), und B. garinii Stamm Fuji P1 (11) (ATCC 51991).

    Seit garinii nicht in US-Patienten noch Zecken außer Seevögel gefunden, seine beunruhigend, dass 27 der ALS Isolate waren garinii. Dies bedeutet entweder Borrelia garinii in den USA seit über verpasste 25 Jahre der Forschung oder diesen Personen wurden außerhalb der USA, wo garinii gefunden infiziert.

    Es ist noch beunruhigender, dass 20 von ihnen haben genau die gleiche 603 Schreiben teilweise pyrG und das andere 7 sind ganz in der Nähe und erscheinen als zufällige Fehler Sequenzierung.

    Es ist beunruhigend, dass die weitere ATCC garinii Stamm Fuji P1 erworben (ATCC 51991) auch hat die gleichen Teil pyrG-Gen-Sequenz.

    Es sei darauf hingewiesen, dass die garinii haben auch angepasst werden 2 bestehenden garinii Stämme aus Japan und Russland. Nicht Europa.

    Borrelia garinii Stamm Ekb704-11 CTP-Synthase (pyrG) Gen, teilweise cds, GenBank: JX971327.1 Russland
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JX971327

    Borrelia garinii pyrG Gen für CTP-Synthase, teilweise cds, isolieren: HP1, GenBank: AB555778.1 Japan
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AB555778.1

    Ich glaube, ALS muss erklären, warum eine eurasische garinii Stamm in ihrer Studie gefunden wurde und warum sie alle so eng übereinstimmen und warum sie auch eng entsprechen den Test ATCC erworben garinii Stamm Fuji P1 (ATCC 51991).

    Ich glaube, das wird schwierig sein, zu erklären, es sei denn, diese Leute alle reiste nach Eurasien. Selbst dann wird es erfordern Follow-up Studien zur Validierung wirklich die Kultur.

    Die Ergebnisse aus der Borrelia burgdorferi sind nicht so eindeutig. Es gibt eine Reihe von US-Stämme, die den Isolaten entsprechen. Das Spiel auf dem Prüfstand Stamm ist bedauerlich,.

    Die azfelii Ergebnis ist auch nicht so beunruhigend. Jemand in der Studie könnte dies abgeholt haben außerhalb der USA. Das Spiel auf dem Prüfstand Stamm ist bedauerlich,.

    Die zweite azfelii sieht seltsam. Der nächste azfelii in der NCBI Datenbank ist eine 584/603 entsprechen. Das ist ziemlich weit weg und doch nahe, kann die Sequenz aus einer gemischten DNA Fehler gekommen. Seine unklar besten. Es scheint seltsam, dass keine bestehende NCBI Datenbank azfelii Stamm wurde sogar in der Nähe.

    Es tut mir leid und nicht glücklich darüber zu berichten, wie ich ein Verfechter der ALS Kultur haben und hoffte, es würde gezeigt, als gültig anzusehen. Ich bin nicht pro-IDSA oder CDC. I kultiviert wurden 3 mal positive. Ich würde es vorziehen, zu lernen, die Kultur ist gültig und bestätigt meine positive Serologie und sinnvoll wäre, eine erfolgreiche Behandlung und das Ende meiner Infektion zu bestätigen. Deshalb Kulturen der Goldstandard sind. Ich möchte auch die Wahrheit wissen. Annullierung diese Kultur Studie bedeutet nicht nur, dass alles außer. Hoffen wir, dass die Follow-up-Studien zeigen, die Kultur ist gut.

  • Mary Louis September 4, 2013, 4:58 pm

    CDC sind schuldig falschen Anschuldigungen.
    Keine Verunreinigung stattgefunden haben könnte, wie die Labor-Stämme wurden gehalten 200 Meilen aus dem Labor, in dem die Patienten’ Blut wurde kultiviert.

    CDC auch re DNA-Sequenzen, sie behaupteten, sie hätten in der Genbank eingereicht veröffentlicht – diese waren nicht da. Sie haben jetzt eingereicht worden (sehr spät) und Diskrepanzen mit dem, was sie berichten.

    B. garinii ist in Mexiko so logisch wäre in US zu sein.

    Unglaublich, Dr McSweegan von NIH pretneded ein Patient seit Jahren sein, die Menschen zu glauben, war der Test ungültig täuschen. Er gestand, dass auf LYmeNet “LHCTom” aka Tom Eames war wirklich ihn. McSweegan wurde von seiner Position als Lyme-Programm Officer bei NIH Jahren für Patienten belästigend Aktivisten entlassen.

Leave a Comment