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New Lyme test de culture Échec Analyse CDC

lyme disease test revealed as contaminated using DNA analysis of borrelia

L'analyse de l'ADN bactérien révèle une contamination probable de nouveaux résultats de tests de la maladie de Lyme.

contamination de laboratoire a été mis en évidence que l'explication la plus probable de l'incidence élevée de résultats positifs pour La maladie de Lyme trouvé par des chercheurs de développer un nouveau type de test pour la maladie de Lyme. Des chercheurs de l'US Centers for Disease Control ont constaté que presque tous les échantillons des patients utilisés comme preuve du succès d'un nouveau test de culture de la maladie de Lyme contenues souches génétiquement de bactéries similaires à celles utilisées dans le développement de l'épreuve, ce qui serait extrêmement improbable naturellement.

Un test de la maladie de Lyme avec des résultats trop beau pour être vrai?

Le test de culture de la maladie de Lyme a été développé par Dr. Eva Sapi et ses collègues dans le Connecticut, qui a publié un papier plus tôt cette année soulignant leur réussite. La technique consiste à prélever des échantillons de sérum de patients connus pour être positifs pour les bactéries de la maladie de Lyme et l'utilisation de cultiver ces échantillons pour ensuite tester la présence de Borrelia. Cultures positives ont été trouvées dans 47% des cas dans les six jours d'échantillonnage, et dans 94% des cas dans 16 semaine. Un groupe de contrôle de l' 48 les personnes sans maladie de Lyme a été utilisé dans l'étude, comparant à un premier groupe de 50 Les patients atteints de la maladie de Lyme et un second groupe de 72 cas confirmés. Les bactéries ont été identifiées par immunomarquage, amplification en chaîne par polymérase (PCR), et le séquençage direct de l'ADN.

Attention sur ces résultats positifs

Le taux élevé de réussite de cette nouvelle épreuve a été reçu avec enthousiasme par de nombreux maladie de Lyme défenseurs des patients, mais les scientifiques travaillant dans le domaine des maladies infectieuses recommandé la prudence que la méthode était nouvelle et non confirmées. Cette prudence semble sage, rétrospectivement, comme la dernière évaluation de la méthode suggère que le taux élevé de séropositivité trouvé peut-être dû à une contamination de laboratoire.

DNA Matching des bactéries de la maladie de Lyme

Lors de l'essai pour la maladie de Lyme en utilisant le séquençage d'ADN, il est fréquent de voir une variété de signatures génétiques Borrelia reproduire et de muter très rapidement. Homogénéité entre les résultats de ces tests est peu probable, sauf les cas de tests ont été délibérément infectés dans un environnement contrôlé à l'aide d'une seule source de bactéries. Ce que les chercheurs du CDC trouvés dans l'analyse de ces résultats de l'étude de Sapi était qu'environ 80% des séquences d'échantillons des patients étaient impossibles à distinguer de celles utilisées dans le développement du test. Juste 10 de l' 51 séquences pyrG identifiés étaient différentes de souches bactériennes les enquêteurs et les scientifiques des CDC noter que, même s'ils ne sont pas sûrs de la pertinence de ces souches, validation d'une nouvelle méthode de test est indispensable pour éviter un traitement antibiotique inutile suite à un faux positif pour la maladie de Lyme.

Nouveau test détecte la maladie de Lyme souches bactériennes ne sont pas présents aux Etats-Unis

Barbara J.B. Johnson, PhD, de la division des maladies à transmission vectorielle à Fort Collins, Colorado, et ses collègues de la CDC ont été particulièrement intéressés à travailler sur pourquoi le séquençage de l'ADN utilisée dans cette étude semble montrer que la plupart des patients ont été infectés avec des souches de la bactérie de la maladie de Lyme qui n'avaient pas été détectés chez des patients américains ou canadiens. Ces souches, Borrelia afzelii et Borrelia garinii, sont plus fréquemment trouvés en Europe et en Asie, mais ne sont pas connus pour être présents en Amérique du Nord.


Comment le test a été conçu

Les chercheurs en développement le test utilisé deux souches bactériennes de maladie de Lyme couramment utilisés dans les tests de laboratoire pour la maladie aux États-Unis, B31 et 297, aux côtés de deux souches eurasiennes. Ces souches, lorsque observée chez les patients américain, sont supposées être le résultat de l'exposition aux tiques lorsque vous voyagez à l'extérieur des États-Unis, sans détection confirmée de ces bactéries dans les tiques testés sur le sol américain.

Contamination bactérienne et les faux positifs

En tant que tel, les chercheurs du CDC ont commencé à se demander si le degré élevé d'homogénéité entre les échantillons de test et la présence de souches bactériennes improbables n'était pas le résultat d'une exposition et d'infection mais d'une contamination accidentelle en laboratoire à partir du protocole d'essai lui-même. Même les différentes souches de ces bactéries seraient, si l'infection avait surgi naturellement, résultat de différentes séquences d'ADN entre les échantillons des patients et si les scientifiques ont comparé les séquences pyrG pour 51 isolats de patients en utilisant les mêmes amorces que celles utilisées par Sapi, et al.

Matches presque exacte pour les références souches

Ce qu'ils ont trouvé était la plus de la moitié (53%) des échantillons des patients étaient infectés par B. garinii, avec 20 de celles 27 jugée clones identiques à la souche utilisée comme une référence dans le développement de l'épreuve. Différences dans les autres échantillons ont été limités à un seul nucléotide muté dans cinq cas, deux différences dans un cas, et trois différences dans le dernier cas. Ces sortes de similitudes suggèrent fortement une autre chose que l'infection naturelle.

Less Than 10% des échantillons Pas très suspecte

En outre, 41% de l' 51 patients présentaient B. séquences burgdorferi liés et tous sauf un d'entre eux avaient des correspondances exactes à la souche de référence. Les échantillons de deux patients contenaient des souches de B. afzelii étroitement liée à l'échantillon de référence, ce qui signifie que 80% (41/51) des échantillons des patients étaient identiques aux souches d'essai, avec un autre 12% différant par un nucléotide unique. Cela laisse juste 4 patients dont les tests ne sont pas une correspondance exacte ou une correspondance presque identiques aux souches bactériennes utilisées dans ce roman, et le test apparemment très réussie.

Une validation supplémentaire nécessaire

Plutôt charitablement, les chercheurs du CDC notent que «davantage de validation de la méthode de culture de roman proposée est requise,” malgré ce qui semble être une indication assez claire de quelque chose ayant mal tourné avec le protocole d'essai conduisant à une contamination par des souches de référence. La contamination présumée pourrait être dû à l'utilisation de méthodes de PCR qui ont été utilisés en dépit d'avoir peu de mérite lorsque la culture contient suffisamment de bactéries pour être vu sous un microscope. Comme les échantillons de contrôle n'ont pas été testés par PCR il se peut que ces éviter la contamination, entraînant ainsi séronégativité. Avaient-ils tous été testés par PCR, il se peut que Sapi, et al, aurait trouvé un taux étonnamment élevé de positivité pour la maladie de Lyme chez ceux sans autre indication de la maladie. Cette, lui-même, aurait (je l'espère) sonné l'alerte sur les protocoles d'essai.

Exercer Optimisme prudent sur la Nouvelle-maladie de Lyme protocoles d'essai

Sans la réalisation de l'étude à nouveau, l'élimination de l'étape de test par PCR, il est impossible de dire si c'est ce qui a causé la contamination présumée et, en effet, si le nouveau test pourrait être utile dans détection de la maladie de Lyme. Que l'expérience ne nous dit, c'est que d'une seule étude présente les résultats qui semblent trop belles pour être vraies devrait conduire à un optimisme prudent et scepticisme sain, plutôt que de susciter des espoirs prêts à être pointillés.

Références

Barbara J.B. Johnson #, Mark A. Pilgard et Theresa M. Russell, Évaluation de la nouvelle méthode de culture des espèces DetectBorrelia dans le sérum des patients la maladie de Lyme, J Clin Microbiol. Publié en ligne Août 14, 2013.

Sapi E, Pabbati N, Datar A, Davies EM, Un Rattelle, Kuo BA. Culture amélioré les conditions de la croissance et de détection de Borrelia partir de sérum humain. Int J Med Sci 2013; 10(4):362-376. Disponible à partir de http://www.medsci.org/v10p0362.htm


{ 2 commentaires… ajouter un }
  • Tom Août 29, 2013, 1:00 au

    Le CDC a conclu leurs séquences pyrG dans le NCBI GenBank

    Borrelia burgdorferi 297 CTP synthase (pyrG) gène, cds partielles, GenBank: KF170281.1, 707 bp
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KF170281.1

    Borrelia garinii souche P1 Fuji CTP synthase (pyrG) gène, cds partielles, GenBank: KF170282.1, 645 bp
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KF170282.1

    Borrelia afzelii souche BO23 CTP synthase (pyrG) gène, cds partielles, GenBank: KF170280.1, 687 bp
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KF170280.1

    J'ai utilisé l'outil de comparaison de séquences d'ADN Virginia.edu de faire un 1:1 comparer chacune des séquences CDC contre chacune des séquences ALS comme dans le tableau de papier CDC:

    “Tableau: La comparaison des séquences du gène pyrG patient associés à ceux des souches de laboratoire de B. burgdorferi sensu lato.”

    outil de Virginia.edu -> http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_w … = rm comparer

    L'outil de comparaison de séquences d'Virginia.edu permet de saisir des séquences avec les numéros d'accès à partir de la base de données NCBI. Il donne un pourcentage de correspondance des séquences et des spectacles alignés différences,

    Les pourcentages de table en papier CDC sont corrects pour les séquences garinii et azfeli.

    Les pourcentages de table en papier CDC sont dans l'erreur par un caractère pour les séquences burgdorferi parce qu'il ya une erreur dans la séquence CDC pour KF170281.1 à sa position de caractère 618 = “y”. “Y” n'est pas une base valable. C'est la position 546 dans le 603 séquence de lettres pour la SLA Bb JX867374.1 où il est “C”.

    Mis à part l'erreur CDC dans leur séquence, leurs pourcentages sont correctes si l'on ignore ce poste aux lettres. Le document CDC devrait être corrigé. Ils sont une 100% correspondre à 602/602, pas 603/603. Cela montre négligence par le CDC, mais n'est pas très pertinent.

    J'ai vérifié le garinii isole pour voir si l'une des erreurs indiquées dans le tableau CDC ont été dans la même position. Chaque erreur dans les isolats garinii semblait aléatoire. Ils semblaient tous dans des positions aléatoires et des lettres. Je me demandais si elles regroupées ou étaient aléatoires. Aléatoire suggère erreurs de séquençage possibles tout en les clusters pourraient impliquer une séquence unique que simplement modifiée par une lettre.

    Donc, il ya un match troublant et près de correspondances entre les isolats de la SLA et de l'ATCC disponible B. sensu de burgdorferi de souche stricto 297 (ATCC 53899), B. afzelii souche BO23 (11) (ATCC76 51992), et B. garinii souche Fuji P1 (11) (ATCC 51991).

    Depuis garinii n'a pas été observée chez les patients américains, ni les tiques à l'exception des oiseaux de mer, son troublant de constater que 27 des isolats ALS étaient garinii. Cela implique soit Borrelia garinii a été manqué aux Etats-Unis depuis plus d' 25 années de recherches ou ces personnes ont été infectées en dehors des États-Unis où se trouve garinii.

    Il est encore plus troublant de constater que 20 de ceux-ci ont exactement la même 603 lettre partielle pyrG et l'autre 7 sont assez proches et apparaissent comme des erreurs de séquençage aléatoire.

    Il est en outre préoccupant que l'ATCC acquis garinii souche Fuji P1 (ATCC 51991) a aussi la même séquence de gène pyrG partielle.

    Il convient de noter que le garinii ne correspondent aussi 2 garinii souches existantes du Japon et de la Russie. Pas l'Europe.

    Borrelia garinii souche Ekb704-11 CTP synthase (pyrG) gène, cds partielles, GenBank: JX971327.1 Russie
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JX971327

    Borrelia garinii gène pyrG pour CTP synthase, cds partielles, isoler: HP1, GenBank: AB555778.1 Japon
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AB555778.1

    Je crois que la SLA a besoin d'expliquer pourquoi une souche garinii eurasienne a été constaté dans leur étude et pourquoi ils correspondent très étroitement et pourquoi ils également correspondre étroitement le test ATCC acquis garinii souche Fuji P1 (ATCC 51991).

    Je crois que ce sera difficile d'expliquer à moins que tous ces gens se sont rendus à l'Eurasie. Même alors, il faudra suivre des études pour valider véritablement la culture.

    Les résultats de la Borrelia burgdorferi ne sont pas aussi claires coupe. Il ya un certain nombre de souches américaines qui correspondent aux isolats. Le match de la souche d'essai est regrettable.

    Le résultat azfelii n'est pas aussi troublant. Quelqu'un dans l'étude aurait pris cette place en dehors des États-Unis. Le match de la souche d'essai est regrettable.

    La deuxième azfelii semble étrange. Le azfelii le plus proche dans la base de données NCBI est un 584/603 égaler. C'est assez lointain et suggère la séquence peut-être venu d'une erreur de l'ADN mixte. Son clair, au mieux,. Il semblerait étrange qu'aucune tension NCBI base de données existante a été azfelii même près.

    Je suis désolé et pas heureux d'annoncer ce que j'ai été un partisan de la culture de la SLA et espéré qu'il serait avérée valide. Je ne suis pas pro-IDSA ou CDC. J'ai été cultivées 3 fois positifs. Je préférerais apprendre la culture est valide et confirme ma sérologie positive et serait utile pour confirmer la réussite du traitement et la fin de mon infection. C'est pourquoi les cultures sont l'étalon-or. Je tiens également à connaître la vérité. Invalider cette étude de la culture ne signifie pas autre chose que juste que. Espérons que les études de suivi montrent la culture est bonne.

  • Marie Louis Septembre 4, 2013, 4:58 h

    CDC se sont rendus coupables de fausses accusations.
    Aucune contamination a pu se produire, que les souches de laboratoire ont eu lieu 200 miles du laboratoire dans lequel les patients’ sang a été cultivé.

    CDC a également publié des séquences d'ADN re qu'ils prétendaient qu'ils avaient déposé dans Genbank – ceux-ci n'étaient pas là. Ils ont maintenant été déposées (très tardive) et les divergences existent avec ce qu'ils rapportent.

    B. garinii est au Mexique ainsi logiquement être trop américain.

    Incroyablement, Dr McSweegan des NIH pretneded d'être un patient pour les années à tromper les gens en leur faisant croire le test n'est pas valide. Il a avoué que le LYmeNet “LHCTom” aka Tom Eames était vraiment lui. McSweegan a été démis de son poste de responsable du programme de Lyme au NIH il ya des années pour harceler les militants des patients.

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