≡ Меню,,en,нажмите, чтобы вернуться домой,,en,Эл. адрес,,en,Комментарий,,en,Этот сайт создает классическую отзывчивую кожу для,,en,Тезис,,en

Новый Лайма культуры Test Failed CDC анализ

lyme disease test revealed as contaminated using DNA analysis of borrelia

Бактериальный анализ ДНК показывает вероятность загрязнения новые результаты тестов болезни Лайма.

Лаборатория загрязнения был выделен как наиболее вероятное объяснение высокой заболеваемости положительные результаты для Болезнь Лайма обнаружено исследователями разработке нового типа теста для болезни Лайма. Исследователи из американских Центров по контролю и профилактике заболеваний показал, что почти все образцы пациентов используются как доказательство успеха нового испытания болезнью Лайма культуры содержащиеся генетически схожи штаммы бактерий, которые используются в разработке тестов, что было бы чрезвычайно маловероятно естественно.

Испытание Болезнь Лайма с результатами Слишком хорошо, чтобы быть правдой?

Культура болезнь Лайма тест разрабатывается Доктор. Eva Sapi и коллеги в Коннектикуте, которые опубликовали статью в начале этого года с изложением их успеха. Методика участвует взятия проб сыворотки от пациентов, как известно, положительные бактерии болезни Лайма и использование культивирование этих образцов затем проверить на наличие Borrelia. Положительные культуры были обнаружены в 47% случаев в течение шести дней выборки, и в 94% случаев в 16 недель. Контрольная группа 48 людей без болезни Лайма была использована в исследовании, сравнения их с первоначальной группе 50 Болезнь Лайма пациентов и вторую группу 72 подтвержденных случаев. Бактерии были определены с использованием иммуноокрашивания, полимеразной цепной реакции (ПЦР), и прямого секвенирования ДНК.

Внимание За таких положительных результатов

Высокий уровень успеха этого романа теста вызвало восторженные многие сторонники болезни Лайма пациента, но ученые, работающие в области инфекционных заболеваний рекомендуется осторожно, так как метод был новым и неподтвержденные. Такие ошибки появился мудрый в ретроспективе, как последняя оценка метода предполагает, что высокий темп серопозитивностью найден может быть связано с загрязнением лаборатории.

Совпадение ДНК бактерии болезни Лайма

При тестировании для болезни Лайма с использованием ДНК секвенирования часто можно увидеть различные генетические сигнатуры как Borrelia воспроизводить и довольно быстро мутировать. Однородность среди результаты таких испытаний вряд ли, если тесты не были преднамеренно заражены в контролируемой среде с использованием одного источника бактерий. Что CDC исследователи обнаружили при анализе этих результатов исследования Sapi было то, что вокруг 80% последовательностей пациента образца были неотличимы от тех, которые используются в разработке теста. Просто 10 в 51 pyrG последовательности были выявлены в различных бактериальных штаммов следователей и CDC ученые отмечают, что в то время как они не уверены в актуальности этих штаммов, проверка любого нового метода тестирование имеет важное значение для предотвращения ненужного лечения антибиотиками на ложный положительный результат на болезнь Лайма.

Новый тест Находит Болезнь Лайма Штаммы бактерий нет в США

Барбара J.B. Джонсон, PhD, из Отдела трансмиссивных болезней в Форт-Коллинз, Колорадо, и его коллеги из CDC были особенно заинтересованы в выяснении, почему секвенирования ДНК, использованные в этом исследовании, казалось, показали, что большинство пациентов были инфицированы штаммами бактерии болезни Лайма, которые ранее не были обнаружены в американских или канадских пациентов. Эти штаммы, Borrelia afzelii и Borrelia garinii, более обычно находятся в Европе и Азии, но не известно, присутствуют в Северной Америке.


Как тест был разработан

Исследователи развивающихся использовали два теста болезнь Лайма бактериальных штаммов, обычно используемые в лабораторных анализов на заболевания в США, B31 и 297, наряду двух евразийских штаммов. Эти штаммы, когда найдено в США пациенты, считаются результатом воздействия клещей во время путешествия за пределами США, , не подтвердили обнаружение этих бактерий в клещах протестирован на территории США.

Бактериальное загрязнение и ложных срабатываний

Как таковой, CDC ученые начали удивляться, если высокая степень однородности между тестовыми образцами и присутствие вряд бактериальных штаммов не было в результате воздействия инфекции, но и случайного загрязнения в лабораторных условиях из самого протокола тестирования. Даже различных штаммов этих бактерий бы, Если инфекция возникла естественным, результат в разных последовательностях ДНК образцов среди пациентов и поэтому ученые сравнили последовательности для pyrG 51 Пациент изолятов с использованием тех же праймеров, как те, что используются Sapi, и др..

Почти точное совпадение для справок Штаммы

То, что они обнаружили, было более половины (53%) проб пациентов были инфицированы B. carinii, с 20 тех 27 оказались тождественными клонов штамма, используемого в качестве эталона в развитии теста. Различия в других образцах были ограничены только одной нуклеотидной мутировал в пяти случаях, два различия в одном случае, и три различия в оставшемся случае. Эти виды сходство весьма наводящий нечто иное, чем природные инфекции.

Меньше чем 10% Образцов не большим подозрением

В дополнение, 41% в 51 пациентов имели B. Burgdorferi-родственных последовательностей и все, кроме одного из них было точное совпадение с эталонный штамм. Образцы Два пациента содержащихся штаммов B. afzelii тесно связаны с эталонным образцом, это означает, что 80% (41/51) проб пациентов были идентичны тестируемых штаммов, с другой 12% отличающиеся на один нуклеотид. Таким образом, остается только 4 пациенты, у которых тесты не точное или почти идентичны матч бактериальные штаммы, используемые в этом романе, и, казалось бы весьма успешные испытания.

Дальнейшей проверки необходимы

Скорее милосердно, CDC исследователи отмечают, что "дальнейшая проверка предложенного метода культуры романа требуется,” несмотря на то, что кажется довольно ясным признаком чего-то пойдя плохого протокола испытаний, ведущих к загрязнению со ссылкой штаммов. Подозреваемых загрязнение может быть связано с использованием методов ПЦР, в которой были использованы несмотря на наличие маленькой достоинство, когда культура содержит достаточное количество бактерий было видно под микроскопом. В качестве контрольных образцов не были проверены с помощью ПЦР может быть, что эти избежать загрязнения, Таким образом, в результате чего серонегативность. Если бы они все были испытаны с помощью ПЦР, может быть, Sapi, и др., нашли бы удивительно высокий уровень положительности для болезни Лайма среди тех, никакой уточняющей заболевания. Это, сам, будет иметь (с надеждой) звучали предупреждения о тестировании протоколов.

Осуществление Осторожный оптимизм по поводу новых протоколов Болезнь Лайма Тестирование

Без проведения исследования снова, устранение стадии ПЦР тестирование, невозможно сказать, является ли это-то и вызвало подозреваемых загрязнений и, действительно, ли новый тест может быть полезным в обнаружения болезни Лайма. Какой опыт говорит нам, что одно исследование представления результатов, которые выглядят слишком хорошим, чтобы быть правдой должно привести к осторожным оптимизмом и здоровым скептицизмом, а не повышение надеется готовы к пунктирной.

Ссылки

Барбара J.B. Джонсон #, Отметить. Pilgard и Тереза ​​M. Рассел, Оценка нового метода Культуры DetectBorrelia видов в сыворотке крови больных болезнь Лайма, J Clin Microbiol. Опубликована августа 14, 2013.

Sapi E, Pabbati N, Datar, Дэвис EM, Rattelle, Куо BA. Улучшение условий культуры для роста и обнаружение боррелий из сыворотки крови человека. Int J Med Sci 2013; 10(4):362-376. Доступна с HTTP://www.medsci.org/v10p0362.htm


{ 2 Комментарии… добавить }
  • Том Август 29, 2013, 1:00 в

    CDC вступил pyrG их последовательностей в GenBank NCBI

    Borrelia burgdorferi 297 CTP-синтазы (pyrG) ген, частичная компакт-дисков, GenBank: KF170281.1, 707 BP
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KF170281.1

    Borrelia garinii штамма P1 Fuji CTP синтазы (pyrG) ген, частичная компакт-дисков, GenBank: KF170282.1, 645 BP
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KF170282.1

    Borrelia afzelii штамм BO23 CTP синтазы (pyrG) ген, частичная компакт-дисков, GenBank: KF170280.1, 687 BP
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/KF170280.1

    Я использовал последовательность Virginia.edu сравнения ДНК инструмент, чтобы делать 1:1 сравнение каждой из последовательностей CDC против каждой из последовательностей АЛС, как в таблице бумага CDC:

    “Таблица: Сравнение пациента ассоциированные последовательности гена pyrG с теми лабораторных штаммов B. Burgdorferi смысле слова Лято.”

    Virginia.edu инструмент -> http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_w … RM = сравнить

    Сравнение последовательностей Virginia.edu инструмент позволяет вводить последовательности с инвентарными номерами из базы данных NCBI. Это дает процент матч выровненных последовательностей и показывает различия,

    CDC проценты документ таблицы являются правильными для garinii и azfeli последовательности.

    CDC проценты бумаги находятся в таблице ошибки на один символ для последовательностей Burgdorferi, потому что есть ошибки в последовательности CDC для KF170281.1 на своей позиции символа 618 = “год”. “Y” не является допустимым базы. Эта позиция 546 в 603 письмо последовательности ALS Bb JX867374.1, где это “C”.

    Помимо ошибки CDC в их последовательности, их уже правильно, если не принимать во внимание это письмо позиции. В документе CDC должна быть исправлена. Они 100% соответствовать по крайней 602/602, не 603/603. Это показывает, разгильдяйства Центром контроля заболеваний, но не так уж и соответствующих.

    Я проверил garinii изолирует чтобы увидеть, если какие-то ошибки, указанные в таблице CDC были в том же положении. Каждая ошибка в изолятов garinii появились случайные. Все они появились в случайных позициях и письма. Мне было интересно, если они кластерные или были случайными. Случайные предлагает возможные последовательности ошибки при любых кластеров может означать уникальную последовательность, которая просто изменилась на один письмо.

    Так что есть тревожные матча и рядом матчей между ALS и изолятов АТСС условии B. Burgdorferi буквальном смысле штамм 297 (АТСС 53899), B. afzelii штамм BO23 (11) (ATCC76 51992), и В. garinii штамм Fuji P1 (11) (АТСС 51991).

    С garinii не был найден у больных США, ни клещей, кроме морских птиц, его тревожит то, что 27 из изолятов ALS были garinii. Это означает либо Borrelia garinii была упущена в США более 25 лет исследований или эти люди были инфицированы за пределами США, где находится garinii.

    Это тем более тревожно, что 20 из них имеют точно такой же 603 письмо частичный pyrG, а другой 7 весьма близки и появляются как случайные ошибки секвенирования.

    Кроме того, тревожит то, что в АТСС приобретенные деформации garinii Fuji P1 (АТСС 51991) также имеет те же частичную последовательность гена pyrG.

    Следует отметить, что garinii действительно также соответствовать 2 существующих штаммов garinii из Японии и России. Не Европа.

    Borrelia garinii штамм Ekb704 CTP-11-синтазы (pyrG) ген, частичная компакт-дисков, GenBank: JX971327.1 России
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JX971327

    Borrelia garinii pyrG ген синтазы CTP, частичная компакт-дисков, изолировать: HP1, GenBank: AB555778.1 Японии
    http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AB555778.1

    Я считаю, ALS должен объяснить, почему штамм Евразийского garinii было найдено в их исследовании и почему они все так близко соответствуют и почему они также близко соответствуют тест АТСС приобретенные деформации garinii Fuji P1 (АТСС 51991).

    Я считаю, что это будет трудно объяснить, если все эти люди не ездили в Евразии. Даже тогда это потребует дальнейшие исследования, чтобы действительно проверить культуры.

    Результаты Borrelia Burgdorferi не такие четкие. Есть несколько штаммов США, которые соответствуют изолятов. В матче Для исследуемого штамма к сожалению.

    В результате azfelii также не столь беспокоит. Кто-то в исследовании, возможно, принял это за пределами США. В матче Для исследуемого штамма к сожалению.

    Второй azfelii выглядит странно. Ближайшая azfelii в базе данных NCBI является 584/603 совпадать. Это довольно далеко и действительно предполагает последовательность может исходить из смешанных ошибки ДНК. Его в лучшем случае неясно. Казалось бы, странно, что ни одна из существующих баз данных NCBI azfelii штамм не был даже близко.

    Простите, а не рады сообщить это, поскольку я был сторонником культуры ALS и надеялся, что это будет показано, что действительными. Я не про-IDSA или CDC. Я культивировались 3 раз положительные. Я бы предпочел, чтобы познакомиться с культурой является действительным, и подтверждает мои положительные серологические и было бы полезно для подтверждения успешного лечения и конце моей инфекции. Вот почему культурами являются золотым стандартом. Я также хочу знать правду. Признании утратившими силу этой культуре исследования ничего не значит, кроме всего, что. Будем надеяться, дальнейшие исследования показать культуру хорошо.

  • Мэри-Луис Сентябрь 4, 2013, 4:58 часов

    CDC виновны в ложных обвинениях.
    Отсутствие загрязнения не могло произойти, как в лаборатории штаммы были проведены 200 милях от лаборатории, в которых пациенты’ крови культивировали.

    CDC также опубликовал Re последовательностей ДНК они утверждали, что подали в Genbank – они не были там. В настоящее время они подали (очень поздно) и имеются существенные расхождения с тем, что они сообщают.

    B. garinii в Мексике так логично было бы в США слишком.

    Невероятно, Доктор McSweegan НИЗ pretneded быть пациентом в течение многих лет, чтобы обмануть людей в веру, тест был недействительным. Он признался, что на LYmeNet “LHCTom” иначе Том Эймс был действительно он. McSweegan был уволен со своей должности сотрудник программы Лайма НИЗ лет назад для беспокоящие пациента кампании.

Оставить комментарий